镇江市疾病预防控制中心（镇江CDC）下设有19个科室，其中业务科室13个，分别为：
急性传染病防制与免疫规划科：负责全市各类急性传染病的预防控制和各种疫苗的供应及免疫规划指导、管理，开展卫生防病技术咨询及爆发疫情的调查处理等。
性病艾滋病与慢性传染病防制科：负责全市性病、艾滋病、结核病、麻风病的预防控制和技术指导等。
血吸虫、寄生虫、地方病防制科：负责全市血吸虫病、寄生虫病、地方病的预防控制和相关技术指导等。
职业卫生科：负责各种职业危害因素的监测检验，协助有关单位对职业危害因素进行控制、干预和效果评价，依法对职业危害因素接触行业人员开展职业健康监护，依法按程序进行职业病诊断。积极开展职业中毒等突发公共卫生事件的调查处置。
食品与环境卫生科：负责全市各类食品、餐具、食品容器、饮用水、各类公共场所、医院污水监测检验。积极开展食物中毒等突发公共卫生事件的调查处置及全民食品营养指导等。
镇江市卫生检测中心：负责突发公共卫生事件应急样品和全市卫生监督检测样品的检测检验及其他委托送样样品的检验。
健康体检中心：负责各类传染病如结核病、血吸虫病、地方病、寄生虫病、法定职业病、学生常见病的诊治；各类人群的健康检查、各类疫苗预防接种等。
皮肤病、性病防治中心(外设美沙酮门诊)：负责各类皮肤病、性病和艾滋病的诊治和咨询服务工作，设有医学激光美容专科、痤疮专科、白癜风专科、皮肤病专家门诊等。
消毒与病媒生物防治科：负责全市蚊、蝇、鼠、蟑等病原媒介生物的密度监测及有害生物防治工作，开展全市医疗、幼托机构、一次性卫生用品等项目的日常卫生检测及消毒效果评价。
健康促进科：负责全市健康教育和健康促进规划及实施，承担卫生科普材料的编辑发行以及摄编健康教育音像制品。
学校卫生科：负责学校重点疾病防制和学生健康监测技术指导等。
新区分中心：负责镇江新区范围内的各类疾病预防控制、公共卫生技术服务和突发公共卫生事件应急处置工作。
慢性非传染性疾病防制科:各种慢性非传染病（如高血压、冠心病、糖尿病等）预防控制与技术指导等。
注：中心各门诊部均为镇江市职工医疗保险定点单位。